Sous sa forme juridique actuelle, la gouvernance de l’IUA est structurée autour de deux axes.
- un axe administratif fonctionnel
- un axe consultatif scientifique et pédagogique.
L’axe administratif est une organisation hiérarchique comprenant :
- la Direction générale
- La Direction générale adjointe
- Les Directions centrales (Affaires académiques, Recherche, Scolarité, Affaires administratives et financières, Formation continue et coopération, Affaires étudiantes).
L’axe consultatif scientifique et pédagogique comprend :
- le Conseil consultatif
- le Comité de direction
- les Conseils de facultés
- le Comité scientifique
- les comités pédagogiques.